Для того чтобы изменить настройки темы на уже рабочем сайте с Drupal 7 удобнее всего использовать hook_update_N.

Для того чтобы изменить настройки favicon можно использовать вот такой простой метод:

function mycustom_module_update_N() {
  // Enable default favicon for theme.
  $theme_name = 'bartik'; // Нужно заменить на имя Вашей темы.
  $theme_settings_var = 'theme_' . $theme_name . '_settings';
  $theme_settings = variable_get($theme_settings_var, array());
  $theme_settings['default_favicon'] = true;
  variable_set($theme_settings_var, $theme_settings);
}